فرماندهی پایگاه دریایی جزیره خارگ نداجا، در جنوب غربی کشور، در مجاورت خط صادرات نفت کشورمان در جزیره خارگ بوده که تحت فرماندهی منطقه دوم ولایت، خلیج فارس و نوار مرزی ساحلی کشور در آن محدوده را تحت نظر دارد.
مأموریت اصلی این فرماندهی، نظارت بر تردد ها و هرگونه تحرکات دریایی محدودهء خلیج فارس و نوار ساحلی بنادر بوشهر، دیلم، گناوه و… بوده و علاوه بر آن، برقراری و حفظ امنیت صادرات نفت کشورمان از اسکله T جزیره خارگ نیز مد نظر می باشد.
با عنایت به اینکه در ایام دوران دفاع مقدس، مهم ترین اسکله صادرات نفت کشورمان در جزیره خارگ قرار داشته و حفظ و استمرار صادرات نفت نقشی حیاطی در ادامه حیاط جمهوری اسلامی ایران داشت، این پایگاه دریایی از اهمیتی دو چندان برخوردار شده و فعالیت پررنگی در رونق اقتصادی آن روزگار داشت.
با توجه به کمبود امکانات، عدم وجود سپر موشکی و همچنین وجود تحریم های آن دوران، نیروی دریایی جهت حفظ خط صادرات نفتی ایران، یکی از اَبَر کشتی های خود بنام “میکلانژ” را در حوالی این اسکله قرار داد تا با توجه به بزرگی آن، در برابر موشک های هوشمند دشمن به عنوان هدف اصلی شناخته شده و مورد اصابت موشک ها قرار بگیرد، عملکردی همچون سپر موشکی داشته و بدین وسیله خط صادرات نفتی ایران همچنان پایدار مانده و از گزند موشک های دشمن مصون بماند.
برابر بررسی سایت راه افتخار، شماره تماس مرکز تلفن فرماندهی پایگاه دریایی نداجا در جزیره خارگ ۰۷۷۳۳۸۲۲۸۰۴ بوده و جهت برقراری ارتباط تلفنی با هریک از یگان های آن فرماندهی باید ابتدا با مرکز مخابرات تماس گرفته و سپس از آن طریق به واحد مورد نظر متصل شد. همچنین شماره تماس مستقیم نیروی انسانی آن پایگاه ۰۷۷۳۳۸۲۳۷۷۲ می‌باشد .
به علاوه، آدرس پستی این پایگاه جهت ارسال مکاتبات اداری و یا بسته (به منظور تحویل به عضو خانواده تان که در آن پایگاه مشغول بخدمت می باشد) عبارت است از : “استان بوشهر. جزیره خارگ. پایگاه دریایی جوشن ارتش. کد پستی: “
براساس آخرین تغییرات ابلاغی ستاد نداجا، در حال حاضر فرماندهی پایگاه دریایی جزیره خارگ بر عهده جناب ناخداسوم ناصر غریب می‌باشد.