نیروی دریایی ارتش با توجه به حوزه فعالیت دریایی و منطقه مأموریت ابلاغی، مناطق و پایگاه های خود را در نوار مرزی ساحلی شمال و جنوب کشور مستقر نموده که این پایگاه ها، شامل مناطق امنیتی، عملیاتی، پشتیبانی، ستادی و آموزشی می‌باشند.
مختصری از اطلاعات مربوط به این پایگاه ها، محل استقرار و شماره تماس جهت برقراری ارتباط با برخی یگان‌های مرتبط، به شرح ذیل می باشد:
***
فرماندهی آماد و پشتیبانی ناوگان شمال نداجا در منجیل
***
فرماندهی آماد و پشتیبانی نداجا در سیرجان
***
منطقه یکم دریایی امامت در بندرعباس
***
منطقه دوم دریایی ولایت در بندر جاسک
***
منطقه سوم دریایی نبوت در بندر کنارک
***
منطقه چهارم دریایی امام رضا(ع) در بندر انزلی
***
مجتمع دانشگاهی علوم دریایی امام خمینی(ره) در بندر نوشهر
***
مرکز آموزش تکاوران دریایی قمربنی هاشم(ع) در منجیل
***
مرکز آموزش تخصص های دریایی باقرالعلوم(ع) در رشت
***
فرماندهی پایگاه دریایی و مرکز آموزش تکمیلی افسری در بندر بوشهر
***
مرکز آموزش شهدای وظیفه نداجا در سیرجان
***
پایگاه دریایی شهدای تکاور در خرمشهر
***
پایگاه دریایی جوشن در جزیره خارک
***
پایگاه دریایی پسابندر در بخش پسابندر چابهار
***
